Türkiye’de SARS-CoV-2 virüsü ile infekte kişi sayısının belirlenmesi üzerine bir çalışma (v2)

Oktay Özdemir* ve Tuğrul Erbaydar**

* Doç. Dr., Yorum Sağlık Danışmanlık Ltd. Şti. ** Prof. Dr., Ankara Üniversitesi Halk Sağlığı AD

ÖZET ·         Bu raporda sunulan analizin amacı Türkiye’de COVID-19 etkeni SARS-CoV-2 virüsü ile infekte kişi sayısının tahmin edilmesidir. ·         Türkiye’de 12 Mayıs 2020 tarihi itibarıyla kaba olgu fatalite oranı (case fatality rate: CFR) %2,75’tir. ·         Ancak kaba CFR değeri, salgının aktif olduğu dönemde, henüz hastalığı atlatamamış olan hastaların olası akıbetlerini dikkate almadığı için gerçekte olduğunda farklı çıkabilir. Bu açıdan düzeltme yapıldığında düzeltilmiş olgu fatalite oranı %3,05 olarak hesaplanmıştır. Yani COVID-19 hastalığı tanısı konan 100 hastadan üçü ölmektedir. ·         Düzeltilmiş de olsa olgu fatalite oranı “COVID-19 tanısı almış” ve hafif de olsa hastalık bulgularını yaşayan hastalar içindeki ölümlerin oranını ifade etmektedir. Oysa virüsle infekte olan kişilerin bir kısmının hiçbir hastalık bulgusu yaşamadan ve haberleri olmadan infeksiyonu atlatacağı bilinmektedir. İşte bir infeksiyon etkeninin ne kadar öldürücü olduğunu en doğru şekilde ortaya koyacak hesaplama tüm ölümlerin sayısının, hastalık bulgusu yaşasın veya yaşamasın “tüm infekte” kişilerin sayısına oranlanması ile yapılabilir. İnfeksiyon fatalite oranı (infection fatality ratio: IFR) denilen bu oranın salgın sırasında doğrudan hesaplanması çok kolay değildir. Türkiye için dolaylı yöntemlerle hesaplanan infeksiyon fatalite oranı %0,552’dir. Yani SARS-CoV-2 virüsü ile infekte olan 200 kişiden biri ölmektedir. ·         Toplam SARS-CoV-2 ile infekte kişi sayısının resmi olgu sayısının 14,9 katı kadar olduğu hesaplanmıştır. ·         Buna göre 12 Mayıs 2020 tarihi itibarıyla Türkiye’de 2.111.000 SARS-CoV-2 ile infekte kişi olduğu, bu rakamın %95 olasılıkla 1,072.000 ile 3.875.000 arasında olabileceği hesaplanmıştır. ·         SARS-CoV-2 ile infekte kişilerin 1.319.000’i İstanbul’da, 119.000’i İzmir’de, 93.000’i Ankara’da ve kalan 580.000’i de diğer illerdedir. ·         Tüm Türkiye için 12 Mayıs 2020 itibarıyla kümülatif insidans %2,5’dır. Yani her kırk kişiden biri SARS-CoV-2 virüsü ile infekte olmuştur. Kümülatif insidans değeri İstanbul için %8,4, İzmir için %2,7, Ankara için %1,6 ve diğer illerin tümü için topluca %1,0 olarak hesaplanmıştır.

 

İkinci versiyonda yapılan ekleme, düzeltme ve güncellemeler

Raporun elinizdeki 12 Mayıs 2020 tarihli bu versiyonu (v2), 6 Mayıs 2020 tarihli ilk versiyonuna yapılan ekleme, düzeltme ve güncellemelerle değiştirilmiş versiyondur. Yapılan ekleme, düzeltme ve güncellemeler şunlardır:

1. Tüm analizler 12 Mayıs 2020 tarihli verilerle güncellenmiştir.
2. PCR testinin duyarlılık verileri ile ilgili son haftalarda yayınlanan makaleler derlenmiş ve karar ağacı modelinde ilk versiyonda sadece bir çalışmaya dayalı olarak alınan PCR testinin duyarlılık değeri yerine bu makalelerdeki verilerin meta-analiz yaklaşımı ile hesaplanan ağırlıklı değeri ile değiştirilmiştir.
3. Türkiye için infeksiyon fatalite oranının Çin verilerine dayanarak hesaplanması ile ilgili ayrıntı eklenerek, ilgili hesaplamanın anlaşılırlığı artırılmaya çalışılmıştır.

Amaç

Bu raporda sunulan analizin amacı Türkiye’de COVID-19 etkeni SARS-CoV-2 virüsü ile infekte kişi sayısının tahmin edilmesidir.

Analiz üç ana basamaktan oluşmaktadır:

1. Sağlık Bakanlığı tarafından yayınlanan (resmi) olgu sayısına dayanarak, toplumdaki PCR-pozitif infekte kişi sayısının hesaplanması.
2. PCR-negatif olgu sayısının tahmin edilerek ilk basamakta hesaplanan PCR-pozitif olgu sayısına eklenmesi ve toplumdaki toplam infekte kişi sayısının hesaplanması.
3. Tüm infekte kişilerin İstanbul, İzmir, Ankara ve diğer illere dağılımlarının ve tüm Türkiye için ve bu iller için kümülatif insidans değerlerinin hesaplanması.

1.Basamak: Resmi olgu sayısına dayanarak, toplam PCR-pozitif infekte olgu sayısının hesaplanması

Analiz için yararlanılan temel kaynak: Bu raporda sunulan analizin ilk basamağında Çin’de gerçek infekte olgu sayısının tahmin edilmesi için kullanılan bir modele göre hesaplanan bazı değerlerin Türkiye’ye projeksiyonu yapılmıştır (Verity 2020). 1 Ocak 2020 ile 25 Şubat 2020 arasındaki dönemin kapsandığı bu çalışmada (1) Çin’de Wuhan’da ve Wuhan dışındaki hastalar, (2) salgın başladıktan sonra Çin’den uçaklarla ayrılan yabancılar ve (3) Diamond Princess gemisi yolcularında yapılan testlerin sonuçları ve ölüm sayılarından yararlanmıştır. Çin’de 11 Şubat 2020 itibariyle gözlenen kaba olgu fatalite oranı (CFR) olan %2,29 (%95 güven aralığı: 2,15-2,43) Türkiye’de şu andaki (12 Mayıs 2020) değere (%2,75) yakındır. Bu nedenle Verity ve arkadaşlarının çalışmasındaki verilerin kullanılarak Türkiye’ye projeksiyon yapılması uygun olacaktır.
Çin için hesaplanan infeksiyon fatalite hızı (IFR): Verity ve arkadaşlarının çalışmasında standart veri toplama sürecinde elde edilen olgu sayısı, aynı tarihte aktif hasta olan (henüz ölümle mi, iyileşme ile mi sonlanacağı belirli olmayan) olgu sayısı (censored cases) ve hiç saptanmamış olgu sayıları çeşitli modellemelere dayanarak hesaplanmış ve (PCR-pozitif olgular için) IFR %0,657 (%95 güven aralığı: 0,389-1,33) olarak bulunmuştur. Beklendiği üzere IFR yaş ilerledikçe giderek artmaktadır; 0-9 yaş grubunda %0,000161 olan IFR değeri sonraki yaş gruplarında giderek artmakta ve 80 ve üzeri yaş grubunda %7,8’e kadar ulaşmaktadır (Tablo 1).

Türkiye için hesaplanan IFR: Çin ve Türkiye’de olguların yaş ve cinsiyet dağılımları farklı olduğu için, Çin için %0,657 olarak hesaplanan IFR değerini Türkiye’ye yansıtmak üzere olguların yaş ve cinsiyet dağılımlarına göre düzeltme (adjustment) yapılarak Türkiye için IFR değeri %0,552 olarak hesaplanmıştır (Tablo 1).

 

Tablo 1. Çin’deki COVID-19 olguları için hesaplanan genel ve yaşa özel IFR değerleri ve bu verilere dayanarak ve Türkiye 2020 yılı nüfusunun yaş gruplarına dağılımlarına göre düzeltilerek hesaplanan COVID-19 Türkiye IFR değeri.

	Genel	0-9	10-19	20-29	30-39	40-49	50-59	60-69	70-79	80+
Çin*
IFR	0,657%	0,00161%	0,00695%	0,0309%	0,0844%	0,161%	0,595%	1,93%	4,28%	7,80%
%95AGS	0,389%	0,00019%	0,00149%	0,0138%	0,0408%	0,076%	0,344%	1,11%	2,45%	3,80%
%95ÜGS	1,330%	0,02490%	0,05020%	0,0923%	0,1850%	0,323%	1,280%	3,89%	8,44%	13,30%
Türkiye, 2020 yılı
Nüfus (x1000)**	84.339	13.419	13.595	13.174	12.775	11.447	8.908	6.192	3.354	1.475
Nüfus (%)	100,0%	15,9%	16,1%	15,6%	15,1%	13,6%	10,6%	7,3%	4,0%	1,7%
IFR	0,552%	0,00161%	0,00695%	0,0309%	0,0844%	0,161%	0,595%	1,93%	4,28%	7,80%
%95AGS	0,301%	0,00019%	0,00149%	0,0138%	0,0408%	0,076%	0,344%	1,11%	2,45%	3,80%
%95ÜGS	1,087%	0,02490%	0,05020%	0,0923%	0,1850%	0,323%	1,280%	3,89%	8,44%	13,30%

* Verity 2020, ** Birleşmiş Milletler verisi
IFR: İnfeksiyon fatalite oranı, AGS: Alt güven sınırı, ÜGS: Üst güven sınırı.

Türkiye için hesaplanan kaba CFR değerinin düzeltilmiş CFR değerine dönüştürülmesi ve tanıdan ölüme kadar geçen sürenin tahmini: Türkiye’de 12 Mayıs 2020 tarihine kadar 3.894 ölüm meydana gelmiştir ve kaba CFR %2,75’tir. Kaba CFR değeri, toplam ölüm sayılarının o güne kadarki toplam olgu sayısına bölünmesi ile hesaplanmaktadır. Oysa belirli bir günde gerçekleşen ölümler geçmiş günlerde tanı konulan olguların bir kısmının zamanla kötüleşmesi sonucunda olmaktadır. Bu ölümlerin gerçekte kaç gün önceki olgular paydasının payında yer alacağını saptamak için ölümlerin tanı konduktan sonra ortalama kaç günde meydana geldiğini bilmek gerekmektedir. Böylece ‘censored’ olgulara göre düzeltilmiş CFR hesaplanabilecektir.

Tanıdan ölüme kadar geçen süre Çin’deki ölümlerde ortalama 18 gün olarak bildirilmektedir. Ancak Türkiye’de tanıdan ölüme kadar geçen ortalama sürenin 18 gün olduğu varsayımı ile toplam PCR-pozitif olgu sayıları ve toplam ölüm sayıları üzerinden yapılan hesaplamalarda bulunan toplam PCR-pozitif infekte olgu sayıları stabil seyir göstermemektedir. Örneğin tanıdan ölüme kadar geçen süre 18 gün olarak alındığında, hesaplanan toplam PCR-pozitif olgu sayısı 29 Nisan’da 1.258.000 iken günler geçtikçe giderek azalmakta (!) ve 12 Mayıs’ta 951.000’e düşmektedir. Buna göre düzeltilmiş CFR değerleri de 29 Nisan’da %5,9 iken 12 Mayıs’ta %3,7’ye düşmektedir. İnfekte olgu sayısının günler geçtikçe azalması ve ayrıca CFR’nin iki hafta içinde bu kadar hızlı düşüş göstermesi mümkün değildir. Bu nedenle Türkiye’de tanıdan ölüme kadar geçen sürenin 18 gün olmadığı anlaşılmaktadır.

Tanıdan ölüme kadar geçen süreyi saptamak için günlük yeni olgu sayıları ve günlük ölüm sayılarından yararlanarak bir hipotetik model oluşturulmuştur. Tanıdan ölüme geçen sürenin normal dağılmayacağı, sağa çarpık bir eğri oluşturacağı ve gamma dağılımı göstereceği öngörülmüştür. Günlük ölüm sayılarının seyrini temsil eden eğrinin (resmi ölüm sayıları eğrisi) salgının ilk gününden başlayan ve yükselen eğimini, tepe değerini ve sonraki azalma dönemini taklit etmek üzere oluşturulan modeldeki ölümlerin sayısının seyrini temsil eden eğriyle (modelin ölüm sayıları eğrisi) çakıştırmak için gamma dağılım varsayımına bağlı kalarak çeşitli modeller denenmiş ve alfa (α) değeri 8, beta (β) değeri 1 olan gamma dağılım modelinin ölümlerin seyrini optimal biçimde açıkladığı görülmüştür.

Gamma dağılımı gösteren bir değişkenin ortalama değeri α*β, varyansı ise α*β²’dir. Buna göre çalışılan modelde (α=8 ve β=1) tanıdan ölüme kadar geçen süre için ortalama değer 8 gün, varyansı da 8’dir.

Tanıdan ölüme geçen süreyi gösteren en iyi hipotetik dağılım eğrisi Şekil 1’de sunulmuştur.

 

Bu varsayıma göre 12 Mayıs 2020’ye kadar bildirilen ve modele göre hesaplanan günlük ölüm sayılarının seyri Şekil 2’de sunulmuştur.

 

Tanıdan ölüme kadar geçen süre 8 gün olarak kabul edildiğinde,

12 Mayıs’a kadar görülen toplam ölüm sayısı (n=3.894) Düzeltilmiş CFR değeri = ─────────────────────────────────────────────────────                                                 4 Mayıs’a kadar görülen toplam olgu sayısı (n=127.659)

 

Sonuçlanmamış (censored) vakalara göre düzeltilmiş CFR %3,05 olarak bulunmuştur.

Toplam infekte kişi sayısı aşağıdaki formülle hesaplanabilir:

Toplam infekte kişi sayısı = Tanı alan olgu sayısı X düzeltilmiş CFR / IFR

 

12 Mayıs’ta toplam tanı almış olgu sayısı: 141,475.

12 Mayıs’ta düzeltilmiş CFR: %3,05.

IFR: %0,552.

12 Mayıs 2020 için toplam PCR-pozitif infekte kişi sayısı = 141.475 X %3,05 / %0,552 = 781.822.

Toplam PCR-pozitif infekte kişi sayısının %95 güven aralığı 396.889 ile 1.435.242 olarak hesaplanmıştır.

2.Basamak: PCR-negatif olgu sayısının tahmin edilerek ilk basamakta hesaplanan PCR-pozitif olgu sayısına eklenmesi ve toplam infekte olgu sayısının hesaplanması

Analizin yukarıda sunulan ilk basamağı sadece PCR-pozitif olguları kapsamaktadır. Aslında SARS-CoV-2 ile infekte olduğu halde PCR-negatif olduğu için COVID-19 tanısı alamamış çok sayıda olgu olduğu bilinmektedir. Bu nedenle analizin ikinci aşamasında, bilinen (resmi) COVID-19 olgu sayısına dayanarak, sadece PCR-pozitif olguların değil, tüm infekte olguların sayısının hesaplanması amaçlanmıştır. Bu amaçla kurulan karar ağacı modelinin girdileri (1) hastaların hastalık şiddetine göre dağılımı, (2) PCR testinin tanısal performans parametreleri, (3) hastalarda PCR testi yapma ve ayrıca ilk PCR testi negatif sonuç verdiğinde testi tekrarlama ile ilgili tercihler olarak yer almaktadır.

1. Hastaların hastalığın şiddetine göre dağılımı: Çin’deki COVID-19 hastalarının %81’i hafif, %14’ü ağır ve %5’i de kritik olgular olarak sınıflandırılmıştır (Wu 2020). Bu oranlarla ilgili yayınlanmış veri olmamakla birlikte, gayri resmi bilgilere dayanarak Türkiye’deki hastaların da benzeri dağılım gösterdiği anlaşılmaktadır.
2. PCR testinin tanısal performansı: Halen Türkiye’de Sağlık Bakanlığı’nın bildirdiği veriler, PCR testinin pozitif olduğu COVID-19 hastalarından ibarettir. Oysa testin tanısal performansının çok iyi olmadığı bilinmektedir. Hafif ve ağır hastalarda semptomların başladığı günden 1-15 gün içinde nazal, farengeal, balgam, bronkoalveoler lavaj (BAL) gibi farklı bölgelerden alınan materyallerde yapılan PCR testinin tanısal performansı ile ilgili yapılan çeşitli çalışmalarda PCR testinin duyarlılığının %29 ile %83 arasında değişkenlik gösterdiği anlaşılmaktadır (Ai, Cassaniti, Fang, Liu, Wang, Xiang, Yang) (Tablo 2).

   Türkiye’de hastalardan öncelikle nazofarengeal sürüntü alınmaktadır. Bu nedenle bu yayınlardan, çalışılan örneklerin “nazal”, “nazofarengeal”, “farengeal” veya “boğaz” olarak bildirildiği yayınlardaki veriler meta-analiz yöntemleri ile ağırlıklandırılarak PCR testinin farklı durumlardaki duyarlılık değerleri hesaplanmıştır. Buna göre toplam 6.762 testin ağırlıklı sonucuna göre PCR testinin duyarlılığı %60,9’dur (%95 güven aralığı: %49,0-%71,7) (yayınların heterojen olduğu için rastgele etkiler modeli sonuçları alınmıştır). Yani aslında COVID-19 hastalığı olanların %39,1’inde PCR testi negatif çıkmaktadır. Hastalığın şiddeti ve örneklerin alınma günü dikkate alındığında, PCR testinin nazofarengeal örneklerde duyarlılığı hafif hastalarda ilk yedi gün içinde %67,2, 8-14’üncü günler içinde %44,0, 14’üncü günden sonra alınan örneklerde ise %37,5’e düşmektedir (Yang 2020). Ağır hastalarda ise ilk yedi gün içinde %65,9, 8-14’üncü günler içinde %61,9, 14’üncü günden sonra alınan örneklerde ise %43,2’ye düşmektedir (Yang 2020) (Tablo 2).

3. PCR testi yapma ve gereğinde tekrarlama ile ilgili tercihler:
   1. Hafif olguların %50’sinde semptomların hafifliği dolayısıyla hastaların sağlık kurumlarına başvurmadığı, başvuranlarda da semptomların hafifliği ve atipikliği dolayısıyla PCR testi yapılmadığı öngörülmüştür.
   2. Ağır veya kritik olguların %10’unda sağlık kurumlarına geç başvurulması, hastalığın çok ağır başlaması, çok hızlı seyretmesi gibi nedenlerle PCR testi sonucu kliniğe ulaşmadan olgunun kaybedildiği ve bu nedenle bu olguların PCR-pozitif olup olmadığı bilinmediği için COVID-10 tanısı almadığı öngörülmüştür.
   3. İlk PCR testi negatif sonuç verse bile klinik olarak COVID-19 düşünülen ağır veya kritik olguların tümünde PCR testinin tekrarlandığı, ancak hastalığın çok hızlı seyretmesi gibi nedenlerle olguların %10’unda ikinci PCR testi sonucu kliniğe ulaşmadan olgunun kaybedildiği ve bu nedenle bu hastaların da PCR-pozitif olup olmadığının bilinmediği için COVID-10 tanısı almadığı öngörülmüştür.

Tablo 2. PCR testinin duyarlılığın bildirildiği yayınlardaki veriler ve bu verilere dayalı olarak yapılan meta-analiz sonuçları.

Yayın	Hasta grubu	Zaman	Toplam (n)	Pozitif (n)	Duyarlılık (%)	%95AGS	%95ÜGS
Tüm hastalarda genel değerlendirme
Genel		-	6762	2950	60.9%	49.0%	71.7%
Ai		-	1014	601	59.3%	56.2%	62.3%
Cassaniti		-	50	38	76.0%	62.3%	85.8%
Fang		-	51	36	70.6%	56.8%	81.4%
Liu		-	4818	1843	38.3%	36.9%	39.6%
Wang		-	406	131	32.3%	27.9%	37.0%
Xiang		-	109	85	78.0%	69.2%	84.8%
Yang		-	95	58	61.1%	50.9%	70.3%
Yang		-	219	158	72.1%	65.8%	77.7%
Tüm hastalarda örnek alınma zamanına göre değerlendirme
Genel		0-7 gün	314	216	67.2%	53.3%	78.6%
Yang		0-7 gün	95	58	61.1%	50.9%	70.3%
Yang		0-7 gün	219	158	72.1%	65.8%	77.7%
Genel		8-14 gün	289	156	50.4%	35.9%	64.8%
Yang		8-14 gün	63	26	41.3%	29.9%	53.7%
Yang		8-14 gün	226	130	57.5%	51.0%	63.8%
Genel		15+ gün	92	38	41.4%	26.4%	58.1%
Yang		15+ gün	47	15	31.9%	20.2%	46.4%
Yang		15+ gün	45	23	51.1%	36.8%	65.2%
Hafif ve ağır hastalarda örnek alınma zamanına göre değerlendirme
Genel	Hafif	0-7 gün	279	193	67.2%	49.8%	80.9%
Yang	Hafif	0-7 gün	75	46	61.3%	49.9%	71.6%
Yang	Hafif	0-7 gün	204	147	72.1%	65.5%	77.8%
Genel	Hafif	8-14 gün	206	104	44.0%	26.5%	63.1%
Yang	Hafif	8-14 gün	27	8	29.6%	15.6%	49.0%
Yang	Hafif	8-14 gün	179	96	53.6%	46.3%	60.8%
Genel	Hafif	15+ gün	20	7	37.5%	14.5%	68.0%
Yang	Hafif	15+ gün	9	1	11.1%	1.5%	50.0%
Yang	Hafif	15+ gün	11	6	54.5%	26.8%	79.7%
Genel	Ağır	0-7 gün	35	23	65.9%	44.3%	82.5%
Yang	Ağır	0-7 gün	20	12	60.0%	38.0%	78.6%
Yang	Ağır	0-7 gün	15	11	73.3%	46.7%	89.6%
Genel	Ağır	8-14 gün	83	52	61.9%	44.6%	76.6%
Genel	Ağır	15+ gün	72	31	43.2%	27.2%	60.8%
Yang	Ağır	15+ gün	38	14	36.8%	23.2%	53.0%
Yang	Ağır	15+ gün	34	17	50.0%	33.8%	66.2%

 

Türkiye’de PCR-negatif olgu sayısının tahmini için kurgulanan karar ağacı modelinin sonuçları (Şekil 3):

• Hafif olgular
  • Türkiye’de de semptomatik olguların %81’inin hafif olgulardan oluşacağı öngörülmüştür.
  • Bu olguların %50’sinde PCR testi yapılmayacağı öngörülmüştür. Tüm semptomatik olguların %40,5’ini oluşturan bu olgular COVID-19 tanısı almamış olacaktır.
  • Hafif hastalarda PCR testinin duyarlılığı ilk hafta içinde %67,2, ikinci hafta içinde %44,0’tür (Tablo 2). PCR testinin semptomların başlangıcından itibaren ilk iki hafta içinde yapılacağı öngörülmüş ve PCR testinin duyarlılığı %67,2 ile %44,0’ın ortalaması olan %55.6 olarak alınmıştır. Buna göre PCR testi yapılan olguların %44,4’ünde test negatif sonuç verecektir. Tüm semptomatik olguların %18,0’ini oluşturan bu olgular COVID-19 tanısı almamış olacaktır.
• Ağır olgular
  • Türkiye’de de semptomatik olguların %19’unun ağır/kritik olgulardan oluşacağı öngörülmüştür.
  • Bu olguların %10’unun PCR testi yapıl(a)madan veya sonucu alınmadan kaybedileceği öngörülmüştür. Tüm semptomatik olguların %1,9’unu oluşturan bu olgular COVID-19 tanısı almamış olacaktır.
  • Ağır hastalarda PCR testinin duyarlılığı ilk hafta içinde %65,9, ikinci hafta içinde %61,9’dur (Tablo 2). Ağır hastalarda PCR testinin semptomların başlangıcından itibaren ilk hafta içinde yapılacağı öngörülmüş ve ilk PCR testinin duyarlılığı %65,9 olarak alınmıştır.
  • Buna göre ilk PCR testi yapılan olguların %34,1’inde test negatif sonuç verecek ve doğrulama için PCR testini tekrarlama gereği doğacaktır. Bu olguların da %10’unun ikinci PCR testi yapıl(a)madan veya sonucu alınmadan kaybedileceği öngörülmüştür. Tüm semptomatik olguların %0,6’sını oluşturan bu olgular COVID-19 tanısı almamış olacaktır.
  • Ağır hastalarda ikinci PCR testinin semptomların başlangıcından itibaren ikinci hafta içinde yapılacağı öngörülmüş ve ikinci PCR testinin duyarlılığı %61,9 olarak alınmıştır. Bu olguların %38,1’inde ikinci test de negatif sonuç verecektir. Tüm semptomatik olguların %2,0’sini oluşturan bu olgular COVID-19 tanısı almamış olacaktır.

Gerekli hesaplamalar yapıldığında tüm semptomatik COVID-19 olgularının sadece %37.0’sinin PCR-pozitif olduğu, yani toplam semptomatik COVID-19 olgu sayısının PCR-pozitif olgu sayısının 2.70 katı kadar olduğu hesaplanmıştır.

 

İlk basamakta Türkiye’de 12 Mayıs 2020 tarihi itibarıyla yaklaşık 782.000 PCR-pozitif olgu olduğu hesaplanmıştır. İkinci basamakta da toplam semptomatik COVID-19 olgu sayısının resmi olgu sayısının 2,70 katı kadar olduğu hesaplanmıştır.

Bu iki veri birlikte değerlendirildiğinde 12 Mayıs 2020 tarihi itibarıyla Türkiye’de yaklaşık 2.111.000 SARS-CoV-2 ile infekte kişi olduğu, bu rakamın %95 olasılıkla 1.072.000 ile 3.875.000 arasında olabileceği hesaplanmıştır.

3.Basamak: Tüm infekte olguların hastalığın en sık görüldüğü illere dağılımlarının ve tüm Türkiye için ve bu iller için kümülatif insidans değerlerinin hesaplanması.

İnfekte olguların ülke çapındaki dağılımının toplumun nüfusa göre dağılımı ile orantılı olmadığı bilinmektedir. En son olarak 10 Nisan 2020 tarihinde hastaların ve ölümlerin illere göre dağılımı bildirilmiştir. Buna göre tüm hastaların %62,5’inin İstanbul’da, %5,6’sının İzmir’de, %4,4’ünün Ankara’da, %3,1’inin Konya’da, %2,6’sının Kocaeli’de, %1,7’sinin Sakarya’da ve kalan %20,1’inin de diğer illerde olduğu anlaşılmaktadır (Tablo 3). Bu dağılımın 10 Nisan 2020 tarihinden sonra da benzer şekilde devam ettiği varsayılmıştır.

Tablo 3. COVID-19 olgularının illere göre dağılımı.

	Olgu sayısı	Ölüm sayısı	Olguların yüzdesi	Ölümlerin yüzdesi
Toplam	19'577	220
İstanbul	12'231	117	62.5%	53.2%
İzmir	1'105	18	5.6%	8.2%
Ankara	860	7	4.4%	3.2%
Konya	601	7	3.1%	3.2%
Kocaeli	500	8	2.6%	3.6%
Diğer	3'943	60	20.1%	27.3%

 

Buna göre 141.475 resmi COVID-19 hastasının yaklaşık 88.400’ü İstanbul’da, 8.000’i İzmir’de, 6.200’ü Ankara’da, 4.300’i Konya’da, 3.600’ü Kocaeli’de, 2.400’ü Sakarya’da ve kalan 28.500’ü de diğer illerdedir (Tablo 4).

Toplam SARS-CoV-2 ile infekte kişi sayısının 2.111.000 olduğu tahmin edilmektedir. Buna göre toplam SARS-CoV-2 ile infekte kişi sayısının resmi olgu sayısının 14,9 katı kadar olduğu anlaşılmaktadır. Bu kişilerin 1.319.000’i İstanbul’da, 119.000’i İzmir’de, 93.000’i Ankara’da, 65.000’i Konya’da, 54.000’i Kocaeli’de, 36.000’i Sakarya’da ve kalan 425.000’i de diğer illerdedir (Tablo 4, Şekil 4).

İnfekte kişi sayısının tüm Türkiye için ve ayrıca İstanbul, İzmir, Ankara ve diğer illerdeki toplam nüfusa oranlarının hesaplanması için 2020 yılı nüfus tahminleri dikkat alınmıştır. Türkiye toplam nüfusunun 2020 yılı tahmini değeri 84.339.067 kişidir (Birleşmiş Milletler verisi). Nüfusun 2019 yılındaki illere göre dağılımına göre (TÜİK verisi) değerlendirildiğinde 2020 yılında İstanbul’da yaklaşık 15.740.000, İzmir’de 4.429.000, Ankara’da 5.719.000, Konya’da 2.264.000, Kocaeli’de 1.980.000, Sakarya’da 1.044.000 ve diğer illerin tamamında da 53.161.000 kişi yaşamaktadır (Tablo 4).

Tablo 4. Türkiye, İstanbul, İzmir, Ankara, Konya, Kocaeli, Sakarya ve diğer illerin topluca tümü için resmi olgu sayıları, infekte olgu sayıları ve kümülatif insidanslar (12 Mayıs 2020 itibarıyle).

	Nüfus	Resmi olgu sayısı	Tüm infekte olgu sayısı
	2020			%95 güven aralığı
Kişi sayıları
Türkiye	84'339'067	141'475	2'110'862	(1'071'570	- 3'875'045)
İstanbul	15'740'251	88'388	1'318'790	(669'478	- 2'420'988)
İzmir	4'429'438	7'985	119'145	(60'483	- 218'722)
Ankara	5'719'373	6'215	92'728	(47'073	- 170'227)
Konya	2'264'161	4'343	64'802	(32'896	- 118'961)
Kocaeli	1'980'845	3'613	53'912	(27'368	- 98'969)
Sakarya	1'044'312	2'435	36'337	(18'446	- 66'705)
Diğer iller	53'160'688	28'494	425'148	(215'825	- 780'472)
Resmi olguların kaç katı?
			14,9	(7,6 -	27,4)
Kümülatif insidans
Türkiye		0,17%	2,50%	(1,27%	- 4,59%)
İstanbul		0,56%	8,38%	(4,25%	- 15,38%)
İzmir		0,18%	2,69%	(1,37%	- 4,94%)
Ankara		0,11%	1,62%	(0,82%	- 2,98%)
Konya		0,19%	2,86%	(1,45%	- 5,25%)
Kocaeli		0,18%	2,72%	(1,38%	- 5,00%)
Sakarya		0,23%	3,48%	(1,77%	- 6,39%)
Diğer iller		0,05%	0,80%	(0,41%	- 1,47%)

 

 

 

Tüm Türkiye için 12 Mayıs 2020 itibarıyla kümülatif insidans %2,5’tir (%95 güven aralığı: %1.3 - %4.6). Kümülatif insidans değeri İstanbul için %8,4, İzmir için %2,7, Ankara için %1,6, Konya için %2,9, Kocaeli için %2,7, Sakarya için %3,5 olarak hesaplanmıştır (Tablo 4, Şekil 5).

Kaynaklar (alfabetik)

1. Ai T, Yang Z, Hou H, Zhan C, Chen C, Lv W, Tao Q, Sun Z, Xia L. Correlation of chest CT and RT-PCR testing in coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China: A report of 1014 cases. Radiology. 2020 Feb 26:200642. doi: 10.1148/radiol.2020200642. [Epub ahead of print]
2. Birleşmiş Milletler, Nüfus Bölümü, Ekonomik ve Sosyal İşler Departmanı, Dünya Nüfus Tahminleri 2019, POP/7-2 dosyası: beş-yıllık yaş grupları, bölge, altbölge ve ülkelerde erkek nüfus tahminleri, 1950-2100, POP/DB/WPP/Rev.2019/POP/F07-2, ve POP/7-3 dosyası: beş-yıllık yaş grupları, bölge, altbölge ve ülkelerde kadın nüfus tahminleri, 1950-2100, POP/DB/WPP/Rev.2019/POP/F07-3, https://population.un.org/wpp/Download/Standard/Population sayfasında).
3. Cassaniti I, Novazzi F, Giardina F, Salinaro F, Sachs M, Perlini S, Bruno R, Mojoli F, Baldanti; Members of the San Matteo Pavia COVID-19 Task Force. Performance of VivaDiag COVID-19 IgM/IgG Rapid Test is inadequate for diagnosis of COVID-19 in acute patients referring to emergency room department. J Med Virol. 2020 Mar 30. doi: 10.1002/jmv.25800. [Epub ahead of print].
4. Fang Y, Zhang H, Xie J, Lin M, Ying L, Pang P, Ji W. Sensitivity of Chest CT for COVID-19: Comparison to RT-PCR. Radiology. 2020 Feb 19:200432. doi: 10.1148/radiol.2020200432.
5. Liu R, Han H, Liu F, Lv Z, Wu K, Liu Y, Feng Y, Zhu C. Positive rate of RT-PCR detection of SARS-CoV-2 infection in 4880 cases from one hospital in Wuhan, China, from Jan to Feb 2020. Clin Chim Acta. 2020 Jun;505:172-175. doi: 10.1016/j.cca.2020.03.009. Epub 2020 Mar 7.
6. TÜİK. İl, tek yaş ve cinsiyete göre nüfus, 2007-2019 (Kaynak: Adrese Dayalı Nüfus Kayıt Sistemi, 2007-2019).
7. Verity R, et al. Estimates of the severity of coronavirus disease 2019: a model-based analysis. Lancet, 30 March 2020. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30243-7.
8. Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, Tan W. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020 Mar 11. doi: 10.1001/jama.2020.3786. [Epub ahead of print].
9. Wu Z, McGoogan JM. Characteristics of and Important Lessons From the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Outbreak in China: Summary of a Report of 72 314 Cases From the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA. 2020 Feb 24. doi: 10.1001/jama.2020.2648.
10. Xiang F, Wang X, He X, Pang Z, Yang B, Zhang J, zhou Q, Ye H, Ma Y, Li H, Wei X, Cai P, Ma WL. Antibody detection and dynamic characteristics in patients with COVID-19. Clin Infect Dis. 2020 Apr 19. pii: ciaa461. doi: 10.1093/cid/ciaa461. [Epub ahead of print].
11. Yang Y, Yang M, Shen C, Wang F, Yuan J, Li J, Zhang M, Wang Z, Xing L, Wei J, Peng L, Wong G, Zheng H, Wu W, Liao M, Feng K, Li J, Yang Q, Zhao J, Zhang Z, Liu L, Liu Y. Evaluating the accuracy of different respiratory specimens in the laboratory diagnosis and monitoring the viral shedding of 2019-nCoV infections. medRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.11.20021493